Beyond Compare ermöglicht Systemadministratoren bestimmte Funktionen des Programms zu deaktivieren, indem sie Richtlinien an einem systemweiten Speicherort festlegen.
Richtlinien
DisableCheckForUpdates
Wenn aktiviert, dann wird Beyond Compare niemals nach einer aktualisierten Version suchen. Der Befehl wird nicht im Hilfe-Menü enthalten sein, die zugehörige "Experteneinstellung" wird im Optionen-Dialog nicht verfügbar sein und die Benachrichtigung Neue Version verfügbar... wird nicht angezeigt.
DisableRemoteProfiles
Wenn aktiviert, dann wird die Unterstützung von Profilen für entfernte Dateispeicher deaktiviert. Dazu gehören FTP, SFTP, WebDAV und Cloud-Speicher-Drittanbieter (Dropbox, Amazon S3, OneDrive usw.). Das Subversion-Profil, welches schreibgeschützt ist, ist von dieser Richtlinie nicht betroffen.
DisableSavedPasswords
Wenn aktiviert, dann werden Passwörter nur im Speicher gehalten. Passwort speichern-Kontrollkästchen werden nicht angezeigt.
Um eine Richtlinie in Windows zu aktivieren 
1.Öffnen Sie den Windows Registrierungs-Editor.
2.Erstellen Sie den folgenden Schlüssel, sofern er nicht existiert:
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Scooter Software\Beyond Compare
3.Erstellen Sie einen DWORD-Wert mit dem gleichen Namen wie die Richtlinie (z.B. "DisableCheckForUpdates").
4.Ändern Sie den Wert auf "1", um die Funktion zu aktivieren.
Verwenden Sie stattdessen HKEY_CURRENT_USER, um die Richtlinie auf den aktuellen Benutzer zu beschränken.
Die Richtlinien gelten für sämtliche Versionen von Beyond Compare, die diese unterstützen.
Beim Installieren von Beyond Compare können Sie den Richtliniennamen als Schalter an das Installationsprogramm übergeben, um sie standardmäßig zu aktivieren (z. B. "BCompareSetup.exe /DisableCheckForUpdates").
Um eine Richtlinie auf macOS/Linux zu aktivieren 
1.Erstellen Sie die folgende Datei, sofern sie nicht existiert:
/etc/bcompare.conf
2.Fügen Sie eine Zeile mit dem Namen der Richtlinie (z.B. "DisableCheckForUpdates") gefolgt von "=" hinzu.
3.Fügen Sie "yes" (ja) am Zeilenende hinzu, um es zu aktivieren.
Fügen Sie stattdessen "no" (nein) hinzu, um es deaktiviert zu lassen. Jede Zeile, beginnend mit "#", ist ein Kommentar.
Die Installation beinhält eine Beispiel-Konfigurationsdatei:
bcompare.conf.sample
Unter macOS finden Sie diese Datei, indem Sie mit der Maus einen Rechtsklick auf Beyond Compare.app ausführen, Paketinhalt zeigen auswählen und zu Contents/Resources/ navigieren.
Unter Linux ist diese Datei normalerweise am Installationsort:
/usr/lib/beyondcompare